In quest’area sorgeva, probabilmente, uno dei primi cimiteri cristiani dove venivano inumati anche i vescovi bolognesi, a causa del divieto (in essere fino al V secolo) di seppellire i morti entro le mura della città. Faustiniano, vescovo successore di san Zama, contribuì ad aumentare la fama del santuario, costruendo una basilica più ampia, e mutò l’intitolazione della chiesa ai Santi Naborre e Felice, martiri della Chiesa milanese, da cui Bologna dipendeva. Dopo il Mille, i monaci benedettini ricostruirono la chiesa in stile romanico, dotandola di una cripta, realizzarono il monastero e nel corso del Trecento la torre campanaria e la sagrestia.
Ma le lotte del XV secolo portarono all’abbandono del monastero da parte dei benedettini e alla conseguente rovina dello stesso. Dopo un secolo di decadenza, il papa assegnò il complesso alle suore clarisse. La cripta è l’unico elemento romanico sopravvissuto all’interno dell’intero complesso. L’assetto odierno della cripta, molto più vicino alla struttura di una cappella, è dovuto alla trasformazione operata dalle clarisse che decisero di isolarla dall’edificio sovrastante creando piccole nicchie dove c’erano le scale di accesso e aprendo, al termine della navata centrale, un vano per ospitare un altare con cinque piccole edicole devozionali.
