La Basilica di San Francesco risale al XIII secolo. Di forme e aspetto ancora prettamente romanici, la basilica è tra le costruzioni italiane quella nella quale sono riflesse con maggiore fedeltà le caratteristiche del gotico francese, chiaramente riconoscibili soprattutto negli archi absidali esterni. Di notevole interesse nei pressi dell’abside i monumenti funebri dei glossatori: Accursio, Odofredo e Rolandino dei Romanzi.
La facciata a capanna è di impronta ancora romanica, tripartita da lesene e decorata da scodelle di ceramica lungo gli spioventi. Alla fine del 300 fu innalzato un nuovo grande campanile su progetto di Antonio di Vincenzo. Lungo il perimetro furono successivamente costruite altre cappelle gentilizie, tutte eliminate nei restauri di fine Ottocento
Dopo l’arrivo dei francesi, la chiesa fu sconsacrata, subì la dispersione del suo patrimonio artistico e conobbe un forte degrado strutturale. Alla fine dell’800 Rubbiani ne curò un restauro che restituì alla chiesa l’aspetto originario ma con alcune pesanti ricostruzioni. I bombardamenti della seconda guerra mondiale hanno arrecato al complesso ulteriori danni e crolli (facciata, volte e chiostro), poi ripristinati dai restauri della Soprintendenza.
