Questo edificio fu costruito intorno il 1551 per un ramo collaterale della casata gentilizia dei Bentivoglio. Quarantanni prima il maestoso palazzo Bentivoglio in via Zamboni veniva distrutto.
Il palazzo che oggi vediamo si presume che fu costruito su un disegno di Bartolomeo Triachini, famoso architetto che operò a Bologna. Al suo interno presenta un maestoso cortile, incompiuto, a due ordini eseguito su progetto di Domenico Tibaldi e finito dal Falcetti.
L’edificio mai completato conserva affreschi settecenteschi di Ubaldo Gandolfi, Nicola Bertuzzi e Carlo Lodi. Nel 1843 i fratelli don Gaetano e don Carlo Mareggiani aprono una scuola notturna in Palazzo Bentivoglio, poi trasferita a Palazzo Bevilacqua in via San Mamolo.